уповал, все то писал по ревности и совести, чтоб не быть двоедушным, а сочинял-де он все то не для возражения на указы, но на представления других, по коим представлениям и те указы последовали, что-де разумеется на представления комиссии, и в чаянии том, что, как те представления не отвержены, так-де и оное его представление отвержено не будет и по крайней мере за то не воспоследует оскорбления ее и. встав, но понеже оное вошло во оскорбление ее и. встав, того ради, всепокорнейшее и всеподданнейше припадая к ногам ее и. встав, просит прощения и помилования. Но оное его, митрополита, показание не истинное, ибо, по показанию находившегося при нем для письма канцеляриста Жукова, копии с обоих поношений в Синод были отправлены в Москву к двум знатным персонам. В 1743 году ему сделан был от Синода письменный выговор за то, что в доношении своем в Синод весьма противные и разительные термины написать дерзнул. Выговор сделан был с таким подтверждением, что если он в подобное тому противление и презор-ство паки вступать будет, то не точи сана архиерейского, но и клобука лишится, того ради приговорили: оного митрополита Арсения, яко уже и прежде в немалых преступлениях, а ныне и наипаче в тяжком и оскорбительном, также архиерейской и генеральной присяги и всех государственных узаконений преступничестве оказавшегося, за те его тяжкие вины и за оскорбление ее и. встав в силу апостольского 84-го правила архиерейства, а по его на означенном в 743 году чинимом ему выговоре подписке и клобука лишить, и послать в отдаленный монастырь под крепкое смотрение, и бумаги и чернил ему не давать». Подписали: Дмитрий митрополит новгородский, Тимофей митрополит московский, Гавриил архиепископ санкт-петербургский, Гедеон епископ псковский, Амвросий архиепископ крутицкий, Афанасий епископ тверской, Михаил архимандрит Новоспасский.

Испуганный старик умолял о помиловании. Но если, несмотря на то, требовалось необходимо осуждение, то кто требовал вносить в это осуждение странность, что показание канцеляриста Жукова о посылке копий с поношений духовнику и Бестужеву свидетельствует о неистинности показаний Арсения? Екатерина написала на докладе: «По сей сентенции сан митрополита и священства снять, а если правила святые и другие церковные узаконения дозволяют, то для удобнейшего покаяния преступнику по старости его лет монашеский только чин оставить, от гражданского же суда и истязания мы по человеколюбию его освобождаем, повелевая нашему Синоду послать его в отдаленный монастырь под смотрение разумного начальника с таким определением, чтоб там невозможно было ему развращать ни письменно, ни словесно слабых и простых людей». Синод назначил местом ссылки Вологодской епархии Ферапонтов монастырь; но 15 апреля обер-прокурор объявил Синоду именной указ, чтоб Арсений сослан был в Архангельскую епархию, в Никольский Карельский монастырь, с производством ему кормовых денег по 50 коп. в день.

Прошло четыре года. В 1767 году опять поднялось следственное дело о монахе Арсении вследствие доноса на него иеродиакона Иоасафа Лебедева. Арсений, по словам доносчика, говорил, что Екатерина не природная наша и не следовало ей принимать престола; цесаревич болен золотухою, и, Бог знает, кто после будет, а надобно быть Ивану Антоновичу и содержащимся в Холмогорах отцу его и прочим. Арсений бранил синодальных членов; о Димитриу Сеченове говорил: «Кабы пропал, то бы и я был освобожден, до тех пор он поживет, пока обер-секретарь Остолопок жив, без которого он ничего не делает. Если бы не были согласны Сеченов и петербургский Гавриил, то деревень у архиереев и монастырей не отобрали бы». Сравнивал себя с Златоустом, заточенным также царицею. Толковал о пророчестве, будто бы взятом из жития св. Кирилла Белозерского, что в России будут царствовать двое юношей, которые выгонят турка и возьмут Царьград: первый юноша – великий князь (Павел Петрович), другой – брат принца Ивана (это говорилось уже по смерти последнего). Эти толки Арсения, доносил Лебедев, над архимандритом Карельского монастыря Антонием, над караульными солдатами и начальником их подпрапорщиком Алексеевским произвели желаемое действие: уверяясь, что двое юношей будут царствовать скоро и что Арсений будет архиереем по-прежнему, стали содержать его гораздо слабее, почитали его как архиерея, принимали от него благословение, позволяли ему публично говорить проповеди. Подвергнутые допросу Антоний и Алексеевский признались в своем послаблении, Алексеевский подтвердил донос, подтвердил, что Арсений говорил: «Государыня наша не природная и не тверда в законе нашем, и не надлежало ей престола принимать». Екатерина заметила при этом: «Сии слова Арсений говорил и в 1763 году капитану Николаю Дурново, когда сей последний его приезжал брать в Синод, и так Алексеевский то не выдумал». Но Арсений в новой беде еще надеялся поколебать основание своей главной опалы. 22 октября он обратился в Архангельскую губернскую